Die St.-Gertraud-Kirche setzt einen markanten Akzent in der Gubener Vorstadt. Ein kleiner Vorgängerbau befand sich seit der Mitte des 14. Jahrhunderts im nördlich angrenzenden Park, dem ehemaligen Friedhof der Gubener Vorstadt. Die außerhalb der Frankfurter Stadtmauern gelegene erste Gertraudenkirche war von der Gewandschneidergilde gestiftet worden. 1820 wurde die bereits baufällige und für die wachsende Gemeinde zu klein gewordene Kirche der Stadt übertragen. 1823 fand eine letzte Instandsetzung statt. Von 1874 bis 1878 wurde sie schließlich durch einen Neubau ersetzt. Dieser folgte den Vorgaben des Eisenacher Regulativs von 1861 für den evangelischen Kirchenbau. Als dauerhaftes Baumaterial wurde Ziegel verwendet, auf einen verdeckenden Bewurf oder Anstrich verzichtete man. Architektonisch prägen unter anderem gotische Stilelemente das Gebäude. Heute beherbergt die St.-Gertraud-Kirche bedeutende Kunstschätze aus der 1945 größtenteils zerstörten St.-Marien-Kirche. Zu den wertvollsten mittelalterlichen Kunstwerken der Stadt gehören unter anderem der Marienaltar von 1489, die Bronzetaufe aus dem Jahr 1376 mit 41 Figurenreliefs sowie der imposante siebenflammige Bronzeleuchter aus der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts, der von vier Adlern getragen wird. Auch der sogenannte Thomas-Schrein zählt zu den besonderen Kunstwerken der Kirche. Die ausgestellten Kunstgegenstände dürfen nicht berührt werden. Im Lutherjahr 2017 wurden zahlreiche Epitaphien umfassend restauriert. Zudem wurde das Gesprenge des Altars wiederhergestellt und damit ein bedeutender Teil seiner historischen Gestaltung rekonstruiert. Von 1978 bis 1980 wurde die St.-Gertraud-Kirche umgebaut. Dabei entstand im Erdgeschoss unter anderem das Gemeindebüro. Der eigentliche Kirchenraum befindet sich seitdem im ersten Obergeschoss und ist über eine Treppe an der Nordseite sowie über einen Aufzug erreichbar.